Activitatea de cercetare a institutului se derulează în cadrul a patru domenii principale şi anume: genetică şi ameliorare, reproducţie, nutriţie şi tehnologii de creştere şi exploatare a ovinelor şi caprinelor. Direcţiile de cercetare ale institutului în ultimii ani au fost orientate pentru realizarea următoarelor obiective:
Ameliorarea potenţialului genetic al raselor locale de ovine şi caprine în funcţie de cerinţele pieţei.
Crearea şi consolidarea genetică a unor rase sintetice de ovine specializate, de mare productivitate asemănătoare celor existente în ţările UE.
Utilizarea markerilor genetici pentru cunoaşterea bazei ereditare a ovinelor şi ameliorarea capacităţii lor productive.
Experimentarea unor biotehnologii moderne în domeniul reproducţiei ovinelor şi caprinelor.
Perfecţionarea tehnologiilor de hrănire a ovinelor şi caprinelor.
Valorificarea superioară cu ovinele şi caprinele a surselor furajere de pe pajiştile existente în diferite zone.
Elaborarea de tehnologii integrate de creştere si exploatare a ovinelor şi caprinelor.
Elaborarea şi perfecţionarea sistemului de maşini şi instalaţii pentru mecanizarea lucrărilor în crescătoriile de ovine.
Realizarea de acţiuni de consultanţă , asistenţă tehnică, servicii de informare ştiinţifică şi tehnică pentru diseminarea rezultatelor obţinute în cercetare.